Spočiatku bol cieľ inkvizície nasledujúci - vykoreniť kacírstvo. A inkvizítori údajne nechceli nič iné. Aby však bolo možné herézu vykoreniť, bolo potrebné heretikov vykoreniť. A aby sa vyhnali heretici, bolo potrebné vykoreniť aj ich priaznivcov a obrancov.
Podľa vtedajšieho učenia cirkvi to bolo možné vykonať dvoma spôsobmi:
- konvertovať na pravú vieru (katolicizmus);
- spáliť telá heretikov na popol.
Inkvizícia použila obe metódy. Často súčasne.
Predbežné vyšetrovanie
Tento postup sa začal okamžite potom, čo bola osoba podozrivá z kacírstva, čo mohlo byť založené na akejkoľvek výpovedi. Pri predbežnom vyšetrovaní boli okrem inkvizítora vždy prítomní aj sekretárka a dvaja mnísi. Ich úlohou bolo dohliadať na svedectvo a zabezpečovať správne zaznamenanie svedectva.
Samotné vyšetrovanie pozostávalo z jediného jednoduchého úkonu: pozvaní svedkovia boli vypočutí na tému vypovedania, aby sa zistilo, či s tým súhlasia. A ak aspoň jeden zo svedkov potvrdil svoj súhlas, podozrivý z kacírstva bol uväznený.
Výsluch a súd
Výsluch založený na použití dosť krutého mučenia (stojan, „španielska čižma“, mučenie vodou atď.) Bol zameraný iba na jediný cieľ - spoveď. A ak to človek nevydržal a priznal sa k aspoň jednej z herezií, ktoré sa mu pripisujú, potom sa automaticky stal vinným zo všetkých ostatných.
A okrem toho, kacír sa po priznaní už nemohol brániť: verilo sa, že jeho zločin bol dokázaný. Potom už inkvizítorov zaujímalo len jediné - či sa obvinený chcel zriecť kacírstva. Ak súhlasil, cirkev sa s ním po uložení pokánia zmierila. Ak odmietol, bol exkomunikovaný.
A v obidvoch prípadoch bol kacír vydaný svetskému súdu spolu s kópiou rozsudku a nasledujúcou vetou: „nech je potrestaný podľa jeho púští“, čo v skutočnosti samozrejme znamenalo smrť.
Auto-da-fe
V tomto stave vecí bol svetský súd iba formalitou, po ktorej bol heretik poslaný na hranicu. Samotní inkvizítori ako ministri cirkvi nemohli odsúdiť na smrť, a preto túto smutnú povinnosť dali svetským úradom.
Obvinený, ak sa zriekol kacírstva, dostal posledné milosrdenstvo - kat ho pred vypuknutím požiaru uškrtil špeciálnym povrazom. Ten, kto pretrvával v kacírstve, zhorel zaživa.